請求内容に対して分割で入金があった場合はどうすればいいですか?

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「未決済取引の消し込み」タブで取引を選択したら、「今回決済金額」を入金額に変更します。

明細から登録する場合は、明細の「未決済取引の消し込み」タブから未決済の取引にチェック後、右の「今回決済金額」に今回の入金額を入力して登録します。