所得税の控除金額に違いがあります。主に配偶者の所得金額によって適用される控除が決定されます。

令和2年以後の扶養親族等の合計所得金額要件等の改正については、国税庁サイトの「 各種控除等を受けるための扶養親族等の合計所得金額要件等の改正（令和2年分以降） 」をご覧ください。

従業員年末調整の入力画面で配偶者の情報を入力すると自動で適用されます。

従業員別の年末調整画面から、［家族情報］を追加して「配偶者」と設定した後、所得額（会社員の場合は賃金合計額から55万を引いた金額）を入力すると自動的に判別・計算をします。

また、年末調整の［家族情報］を入力する際は、管理者が入力する場合と従業員本人が入力する場合とで操作方法が異なります。

詳しい操作手順は次のとおりです。
※ 年末調整の各種情報を従業員本人に入力してもらう機能は、ベーシックプラン以上のみの対応となります。

【管理者が入力する場合】

1. ［年末調整］メニュー → 従業員名クリックします。

2. ［情報確認］タブ →［家族情報］項目の［直接編集］をクリックします。

3. 「家族情報の直接編集」画面が開きます。［＋家族情報を追加］をクリックして、続柄を「配偶者」にします。また、所得で「あり」を選択し、所得額を入力します。
入力項目の詳細については、「 5. 管理者が従業員の申告内容を入力する - 家族情報  」のヘルプページをご覧ください。

【従業員本人が入力する場合】

1. 従業員の年末調整入力画面から［家族情報の確認］をクリックします。 

2. 「家族情報の編集」画面が開きます。［＋家族情報を追加］をクリックして、続柄を「配偶者」にします。

3. 「3. 家族の収入」画面で「あり」を選択し、所得額を入力します。
入力項目の詳細については、「 【従業員向け】年末調整の申告内容を入力する - 家族情報の確認を行う 」のヘルプページをご覧ください。