源泉徴収票の「支払金額」と賃金台帳の「総支給額」が異なるのは何故ですか?

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源泉徴収票の「支払金額」は、賃金台帳の「課税対象額」の合計と一致します。

賃金台帳の「総支給額」には非課税通勤手当なども含まれていますが、源泉徴収票の「支払金額」にはそれが含まれていません。