給与明細の総控除額がマイナスになったのはどういうことですか？

年末調整の反映月の給与明細は、還付が発生すると控除額がマイナスになります。

年末調整の結果、所得税の還付が発生する場合は金額によってはその他の控除額の合計よりも還付額が多い場合があり、その場合は総控除額がマイナスとなります。

「控除」の「マイナス」ですので、結果的に従業員に還付金が支給されることになります。