会計freeeに連携した際、還付金の勘定科目は何にすればいいですか?

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勘定科目は「預り金」とします。

還付金は「源泉徴収した所得税の返還」です。

源泉徴収した際は「預り金」の収入(支出の控除)となっていましたので、還付する場合には「預り金」の支出として登録します。