[設定]-[初期設定]項目の中に[開始残高の設定]が無い

開始残高の設定は、会計期間が初年度の時にしか表示されません。

したがって表示されない場合、年度締めをされている可能性が高いです。

2期目以降の期首残高は前年の期末残高から繰り越される形になりますので、残高の金額を入力することはできません。

一旦、前年度に戻って正しい前期期末残高になるように修正します。

もし、今期から本格的にfreeeを使うという場合、前期のデータをリセットし、新たに今期を初年度として開始残高の設定をすることもできます。