以下を確認します。

• 給与明細の確定をする際に「会計freeeに取引を作成する」のチェックが外れている
  詳しくはこちらのヘルプページをご覧ください
  
  
• 連携されているが、確認する日付が誤っている
  会計freeeに連携されるのは給与の「締め日」が連携されます。
  会計freeeに登録されていないか以下の手順で確認します。
  　1.[取引]→[取引の一覧・登録]より
  　2.絞り込み条件に「登録した方法」を選択
  　3.「給与計算」をクリックし、一覧を確認
  
  
• データ送信がうまく行えていない
  給与明細を未確定にした後、再度確定し、会計freeeへの反映を確認します。