同期操作は可能ですが、推奨しておりません。
（freeeとSquareの連携は、1つのSquareアカウントで1つのSquare店舗のみをfreeeに同期することを想定した仕様となっています。）
Squareでは、複数のアカウントおよび1つのアカウント内で複数店舗の管理が可能です。
一方freeeでは、仕様上の制約があり、複数アカウントおよび1アカウントで複数店舗の連携を推奨しておりません。
仕様上の制約の一例は以下です。
- 1つのアカウント内で複数店舗の管理をされている場合、Squareから連携される売上データには、店舗を識別する情報が付きません。そのため、店舗ごとの売上を損益計算書で確認できず、連携された売上データを店舗ごとに会計処理する操作が困難です。
- Squareの売上金が銀行口座に入金された際、通常は「Square（売掛金）→銀行口座」の「口座振替」の操作で入金登録を行います。Squareの売上金が入金される銀行口座をSquare上の店舗別に分けていない場合、「複数Square口座→1つの銀行口座」の「口座振替」操作にfreee会計が対応していないため会計処理の効率化が困難です。
- Squareの売上金が銀行口座に入金された際、上記制約の回避として口座振替以外の方法（未決済取引の登録や振替伝票 等）で決済登録を行う場合、店舗ごと・取引ごとの入金金額とその内訳をSquare側で確認する必要がある上、freee会計での会計処理操作が複雑になり効率化が困難です。
関連するヘルプページは以下となります。