ページを印刷Squareでは、１つのアカウント内で複数店舗の管理が可能ですが、freee上では、その仕様に対応できていません。Squareの1アカウントに対して1つの口座として同期されます。
また現状、freeeの1事業所において同期できるSquareアカウントは1つであるため、1事業所でSquareの複数店舗を管理することはできない状況です。
関連するヘルプページは以下となります。
▼ 【ヘルプセンター】Square （スクエア） - 売上データを取り込む
▼ 【ヘルプセンター】Squareアカウントを複数同期させることはできる？