同期で取得しているcsvファイルに記載のない訂正等が入っている可能性があります。
現在のfreeeの仕様上、同期で取得しているcsvファイルに記載がないものは取得不可能であるため、ご自身で手入力を行ってください。
【例】GMOイプシロンからの同期で取り込まれた金額と入金額が異なった事例
該当月の売上明細書上、PDFファイルには利用内訳のamazonpayの欄に「訂正」4,458円と記載がある
一方、csvファイルには相当する記載がない
→この分を手動入力にて訂正
GMOイプシロン：同期で取り込まれた取引金額と、実際に銀行口座へ入金された金額に差額がある
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