現状では、できません。
[通勤手当の支給期間]を「1日あたり」に設定している場合、現状の仕様では有休日は労働日と同じ扱いになりますので、通勤手当の計算対象になります。
給与明細を直接編集し、その月に実際に支給した交通費に訂正します。
※交通費の金額を給与明細から直接編集で操作する場合、雇用保険料と所得税の再計算が必要となります。
※所得税は、その月の社会保険料等控除後の給与等の金額に基づいて計算されます。
雇用保険料は社会保険料に含まれますので、直接編集後の雇用保険料を先に算出後、所得税を計算する必要があります。
そのため、「雇用保険料」→「所得税」の順に[再計算]ボタンのクリックをします。
詳しくは、こちらの「 給与明細の内容を直接編集する 」をご参照ください。