支払い給与を減額する際に、逆仕訳を打って相殺したのと同じ状態を作れませんか？

一度登録した「給料手当」を減額する場合、直接金額を編集する以外に＋更新機能を利用する方法があります。
未決済状態の「給料手当」取引編集画面を開き、「決済を登録」の右隣の「+更新」をクリックします。勘定科目「給料手当」で更新すると、（借方）未払費用 /（貸方）給料手当の仕訳を登録することができます。

詳しくは、こちらのヘルプページをご覧ください。ケースは違いますが、同じ手順で処理できます。