取引先の設定でチェックボックスが表示されない場合、以下の可能性が考えられます。

• 取引/振替伝票で使われている
  仕訳帳で取引先を検索し、削除したい取引先が使われていたら使用しないようにしてください。（現在の会計期間以外も）
  
  
• 請求書で使われている
  請求書が下書きの状態だと、仕訳が作られずに請求書で使用された状態になり削除ができません。
  
  
• 開始残高の内訳として使われている
  開始残高の内訳には取引先か品目を設定できますが、仕訳を作らない事もできるので気づきにくいです。

上記の点を確認の上、取引先の設定でチェックボックスが表示されるかお試しください。