送付書の作成、出力はできますか？

可能です。
申告freee　→　+申告書を追加する　→　その他タブ　→　電子申告及び申請・届出による添付書類送付書にチェックを入れる
の操作を行うと送付書の作成ができます。
e-Taxのメッセージボックスからダウンロードが可能です。