地方税申告書の提出先情報が申告書上未設定であるがこれはどこで設定するのでしょうか？

申告書の提出先は六号様式の上部の申告先設定というボタンで設定します。
この設定内容が様式の表示に反映され、電子申告送信一覧上でも表示されます。

上記とは別に、六号様式の提出先をクリックし選択すると、「PDFの宛先を変更する」というチェックがあり、様式に表示されている内容を変更することができます。例えば直接の提出先は都税事務所であるが最終的な提出先の東京都知事とする場合に、東京都知事殿を六号様式の提出先に表示する場合に利用します。