電子申告用決算書の株主資本等変動計算書は会計freeeの決算書の作成で株主資本等変動計算書で作成保存してある場合にこの内容が連携します。各科目の期首、期末と当期純利益のみが連携し、期中の変動内容や合計欄（合計欄については多くの場合入力しないで提出されていますが問題が報告されたことはありません。）については連携していませんので必要に応じて入力をする必要があります。
上が会計freeeの株主資本等変動計算書、下が申告freeeの電子申告用決算書の株主資本等変動計算書（連携科目のみ表示）