国税庁の延長申請の方法の記載に準じて対応をする場合、申告freeeの法人税の電子申告ではそれぞれの対応方法になります。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/kansensho/index.htm

１．法人税
「＋申告書を追加する」から「その他」タブの「e-Tax用添付書類送付書」を追加し、「添付書類名」の項目に「新型コロナウイルスによる申告・納付期限延⻑申請」と設定します。

電子申告送信の法人税で「別途郵送書類あり」にチェックをオンにして送信チェックをして送信します（この際、「申告対象帳票を確認」ボタンで送付書は表示されません。）。

電子申告一覧の確認ボタンを押し、「送付書ダウンロード」のボタンから送信した送付書が確認できます。

２．消費税
国税庁の記載ですと消費税でも添付書類送付書の送信を求めていますが、freeeでは消費税において添付書類送付書を送信する機能がありません。

ですので、厳密に申告freeeでは対応はできていません。

代替的な方法としまして、法人税の送付と合わせて送付する場合に、法人税の送付書に消費税の延長もある旨を記載する方法、電子申告送信で消費税の送信チェック後に画面右下の「e-Tax/eLTAX用ファイルのダウンロード」からxtxファイルを出力してe-Taxソフトダウンロード版で取り込み送付書を追加する方法が考えられます。

３．地方税
電子申告送信の送信チェックボタンの右の「新型コロナウィルス感染症の影響により申告期限延長の取り扱いをする」のチェックをオンにした状態で送信チェックをして送信します。

電子申告一覧の確認ボタンを押し、受信通知を確認すると法人名の前に「新型コロナウイルスによる申告・納付期限延長申請」が入っていることが確認できます。