通常通り経理処理を行い、取引に部門を付けて管理します。
個人事業主の方は、freee会計には「事業所得」(事業による儲け)を記録します。
個人事業主で2つ以上の事業を行っている場合、それらの所得は共に「事業所得」として扱われますので、両方の事業の収支を通常通りfreee会計に登録します。
その際、事業を区別して管理するために、取引に「部門」を付与して管理することをおすすめします。
開業届に記載がない事業である場合には、確定申告書の決算書の「業種欄」にその事業も記載することをおすすめします。