ページを印刷報酬の中には、支払う際に所得税の源泉徴収が必要なものがあります。どの取引が源泉徴収対象取引になるかは、国税庁のウェブサイトをご確認ください。（こちら）
源泉徴収の対象となる売上について、源泉徴収された分が差し引かれて入金された際の登録についてご案内します。
例：
私は弁護士です。クライアントにサービスを提供して報酬を得ました。
6月30日に、本体 500,000円＋消費税 40,000円分のサービスを提供しました。
クライアントからは、7月31日に、源泉所得税 51,050円が控除された 488,950円 を回収しました。
目次
基本的には、売上金額が確定した時点で売掛金を計上し、その上で決済を登録します。
売掛金を既に計上していた場合の取引登録
［取引］→［取引を登録］で、決済ステータスを「未決済」にした収入取引を登録するか、「請求書を作成」から取引を登録することで、売掛金が記帳されます。
例の場合は、下図のように取引を登録します。
その売掛金を消し込む場合、以下のように登録します。
「自動で経理」を利用する場合
「自動で経理」では、源泉所得税の控除を自動推測する機能がありますが、もしその内容が正しくなかった場合は、推測内容を削除してから以下の手順で登録します。
1. ［未決済取引の消し込み］タブをクリックします。
2. ［未決済の取引から選択する］をクリックします。
3. 対象となる売掛金取引（未決済の収入）にチェックを入れます。
※ 当該取引が表示されていない場合は、上部の絞り込み欄から条件を指定して絞り込み、取引を表示させます。
4. 控除分を入力するための行（金額の左に▲が付いている行）に、控除された源泉所得税の情報を以下のように入力します。
- 勘定科目：「事業主貸」
- 品目（任意）：「源泉所得税控除」
- 金額：源泉所得税の金額
※ 控除行が表示されていない場合は［控除・マイナス行を追加］をクリックして行を追加してから入力します。
5. 入力後、下部に赤字で過不足額が表示されていなければ［登録］をクリックします。
手動で取引を登録する場合
「自動で経理」を使わない場合、売掛金の消し込みと源泉所得税の控除を分けて登録します。
1.［取引］→［取引の一覧］を開き、消し込みたい取引の行をクリックします。
2.［決済を登録］をクリックします。
3.決済残高を決済登録します。この時、入金金額は源泉所得税が引かれる前の金額を入力します。
4.取引の一覧画面の上部にある新規登録欄より、源泉所得税が控除された分を支出取引として登録します。（勘定科目は「事業主貸」とし、任意で「源泉所得税」などの品目を付けます）
売掛金を計上していなかった場合の取引登録
売掛金を計上していなかった場合は、入金時に取引を登録します。（この場合は現金主義になってしまうので注意します。できるだけ、この方法ではなく、売掛金を計上してから消し込む発生主義をとりましょう）
※ 会計上のルールでは、資金が移動した日を基準に記帳する「現金主義」ではなく、取引が発生した・確定した日を基準に記帳する「発生主義」が望ましいとされています。
「自動で経理」を利用する場合
- ［カンタン取引登録］タブを開きます。
- 「複数行取引」にチェックを入れます。
- ［控除・マイナス行を追加］をクリックして、控除分を入力するための行（金額の左に▲が付いている行）を追加します。
- 売上分と源泉所得税控除の取引を以下のように入力します。
1行目：勘定科目は「売上高」／金額は取引本体の金額（例の場合は540,000円）
2行目：勘定科目「事業主貸」／品目「源泉所得税控除」（品目で管理したい場合は入力）／金額は源泉所得税の金額（例の場合は51,050円） - ［登録］をクリックします。
手動で取引を登録する場合
1. ［取引］→［取引を登録］より、［詳細登録］をクリックします。 
2. ［控除・マイナス行を追加］をクリックして、控除分を入力するための行を追加し、取引本体と源泉徴収の情報を入力して登録します。
入力すべき事項は「自動で経理」を利用する場合と同様、1行目に本体の取引、2行目の控除行に源泉所得税の情報を入力します。
※ この際、決済は「完了」、取引日は入金日になります。
参考：手取契約の場合の源泉徴収税額の計算方法
こちらのページが参考になります。
参考：【個人】請求書の作成画面で源泉徴収額を自動計算できます
個人事業主の方は、会計freeeで請求書を作成すれば、請求額から源泉徴収額を自動計算できます。
詳しい操作手順や仕様については、こちらのヘルプページをご覧ください。