マイナス金額で入力されている科目が正しく登録されずにエラーになってしまっている可能性がありますので、インポートしているCSVファイルをご確認いただき、マイナス金額で登録されている科目について確認します。
また、開始残高のインポートの際に、未登録の勘定科目を新規登録するプロセスがありますが、そちらで設定したカテゴリが正しくないと貸借がバランスしない状態になってしまい、エラーになる場合があります。
この場合、原因となった勘定科目を特定するのは難しいため、先に勘定科目をfreeeに登録してから開始残高のインポートを行います。
詳しくは「勘定科目をエクスポート・インポートする」をご覧ください。
代替手段としては、CSVファイルをインポートする方法ではなく、手動で金額を入力して登録する方法になります。