freeeではCSVファイルをインポートする際に、税額が0円と入っていれば、税区分を設定していた場合でも税額が0で取り込まれます。
この場合、インポートしたCSVファイル削除して、税額を入れ直したCSVファイルを再度インポートしていただくか、インポートされた仕訳の税区分を一時的に別の税区分に変更し、再度目的の税区分に変更すると、再計算が行われて正しい税額が入ります。
誤って税額が0の仕訳データをインポートしてしまったときは？
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freeeではCSVファイルをインポートする際に、税額が0円と入っていれば、税区分を設定していた場合でも税額が0で取り込まれます。
この場合、インポートしたCSVファイル削除して、税額を入れ直したCSVファイルを再度インポートしていただくか、インポートされた仕訳の税区分を一時的に別の税区分に変更し、再度目的の税区分に変更すると、再計算が行われて正しい税額が入ります。