はい、同期できます。
口座をfreeeに登録して最初に同期をする際、複数口座ある場合にはどの口座と同期するか選択する画面が表示されますので、そちらで同期したい口座番号を選択します。
2つの口座を同期したい場合は、freee上でも口座を2つ登録して、口座選択画面でそれぞれの口座番号を選択・保存します。
はい、同期できます。
口座をfreeeに登録して最初に同期をする際、複数口座ある場合にはどの口座と同期するか選択する画面が表示されますので、そちらで同期したい口座番号を選択します。
2つの口座を同期したい場合は、freee上でも口座を2つ登録して、口座選択画面でそれぞれの口座番号を選択・保存します。