子カードの明細が親カードにまとめて入ってくる場合の処理方法については、カード会社の明細のフォーマットに依存しますので、同期の際に分けることができません。
この場合、カードのサイトにログインして明細をCSV形式でダウンロードし、そちらを子カードごとに分け、freee側では子カードごとに口座を登録の上、ファイルをアップロードする方法があります。
ただし、この方法では、CSVファイルを子カードごとに分ける手間と、手動でファイルをダウンロードしてアップロードする手間が発生するため、記帳効率は落ちます。
アップロードした後の口座振替の処理方法は変わりありません。
以下のヘルプページもご参照ください。