子カードの明細が親カードにまとめて入ってくる場合の処理方法につきましては、カード会社の明細のフォーマットに依存しますので、同期の際に分けることが出来かねます。
この場合、カードのサイトにログインして明細をCSV形式でダウンロードし、そちらを子カードごとに分け、freee側では子カードごとに口座を登録の上、ファイルをアップロードする方法があります。
ただし、この方法だと、CSVファイルを子カードごとに分ける手間と、手動でファイルをダウンロードしてアップロードする手間が発生するため、記帳効率は落ちます。
アップロードした後の口座振替の処理方法は変わりありません。
以下のヘルプも宜しければご参照いただければと思います。
▼ 【ヘルプセンター】銀行やカードの明細を手動で取り込む(明細アップロード)
▼ 【ヘルプセンター】デビットカードの利用内容を記帳する