12月・1月支払い給与明細以外には、自動反映ができません。
そのため、以下の方法で対応します。

1. メニュー［年末調整］から［年末調整設定］ボタンをクリックします。

2. 年末調整設定画面の「還付・追加徴収の方法」を、［明細に反映しない］に設定します。

3. 還付・追加徴収を給与明細に反映させたい月を選択します。

4. メニュー［従業員］から各従業員をクリックします。

5. 「控除」項目の［編集］→［控除を追加］とクリックします。

6. 追加の画面で、年末調整還付・追加徴収金の控除項目を選択し、［追加］をクリックします。
控除項目を未作成の場合は、［控除の新規作成］ボタンをクリックして作成します。

• 還付金：控除名「年末調整還付」 ※マイナス金額で追加
• 追加徴収金：控除名「年末調整追加徴収」

※「頻度：１回」「所得税の計算：所得から差し引かない」にチェックをし控除情報を保存します。

詳しい作成手順は、手当・控除設定を行う - 控除を設定・編集するのヘルプページをご覧ください。

上記の方法ですと、12月・1月支払い給与明細にシステムで反映される場合と同じように、賃金台帳やfreee会計の取引に反映されます。

参考：freee会計連携時の注意点

freee会計に給与取引を連携した際、上記の方法で登録した年末調整追加徴収の勘定科目は「雑収入」として反映されます。

必要に応じてfreee会計側で勘定科目を「預り金」に変更してください。