12月・1月支払い給与明細以外には、自動反映ができません。
そのため、以下の方法で対応します。
1. メニュー［年末調整］から［年末調整設定］ボタンをクリックします。
2. 年末調整設定画面の「還付・追加徴収の方法」を、［明細に反映しない］に設定します。
3. 還付・追加徴収を給与明細に反映させたい月を選択します。
4. メニュー［従業員］から各従業員をクリックします。
5. 「控除」項目の［編集］→［控除を追加］とクリックします。
6. 追加の画面で、年末調整還付・追加徴収金の控除項目を選択し、［追加］をクリックします。
控除項目を未作成の場合は、［控除の設定］を開き、［控除］タブの［＋新規作成］ボタンをクリックして作成します。
- 還付金：控除名「年末調整還付」 ※マイナス金額で追加
- 追加徴収金：控除名「年末調整追加徴収」
※「頻度：１回」「所得税の計算：所得から控除しない（社会保険料として扱わない）」にチェックをし控除情報を保存します。
詳しい作成手順は、「 支給・控除設定 - 控除を設定する 」のヘルプページをご覧ください。
上記の方法ですと、12月・1月支払い給与明細にシステムで反映される場合と同じように、賃金台帳やfreee会計の取引に反映されます。
参考：freee会計連携時の注意点
freee会計に給与取引を連携した際、上記の方法で登録した年末調整追加徴収の勘定科目は「雑収入」として反映されます。
必要に応じてfreee会計側で勘定科目を「預り金」に変更してください。