はい、できます。
個人事業主の場合
プライベート資金で決済した取引は、相手勘定科目を「事業主借」として取引登録を行います。
取引インポート用のCSVファイルにて取り込む場合、インポート用のCSVファイルに含まれる「決済口座」列に「事業主借」と入力しインポートすることで、プライベート資金で決済した取引の登録が可能です。
法人の場合
「決済口座」列を「役員借入金」にすることで、役員資金で決済した取引としてインポートが可能です。
インポートの詳細については、下記ページをご参考ください。