freee会計で消費税申告機能を提供している個人事業主向け「消費税申告ライト」では中間申告、および修正申告（※）には対応していません。
freee申告のご利用、確定申告書作成コーナーでの対応、もしくはお近くの税務署にご相談ください。
※ 既に申告した内容を修正して申告をしたい場合、申告期限内であれば訂正後の申告データを作成・送信すれば問題ありません。
期限後に修正申告を行う場合は、上記の対応となります。
なお、freee申告 消費税では中間申告・修正申告に対応しています。
詳しくは以下ヘルプページをご覧ください。