確定申告書 第二表に含まれる住民税の徴収方法を普通徴収にしたいのですができますか？

できます。確定申告書 第二表に含まれる住民税の徴収方法は、下記の方法で「自分で納付」にすることができます。
※給与・公的年金等以外の所得がある場合のみ設定できます。

1. ［確定申告］メニュー →［確定申告（所得税・消費税）］→［所得税申告書類の作成］ボタンをクリックします。
2. 「確認」ステップをクリックし、「給与や年金所得以外に掛かる住民税の納付方法を選択しましょう」の項目で「自分で納付」を選択します。