できます。
確定申告書B 第二表に含まれる住民税の徴収方法は、下記の方法で「自分で納付」にすることができます。
1. 「確定申告」→「確定申告書類の作成」をクリックする
2. 「確認」ステップをクリックし、確定申告書プレビューの下部に表示された「直接入力編集へ」ボタンをクリックする
3. 「確定申告書B」と表示された緑色のタブをクリックし、「確定申告書B 第二表」項目に含まれる「住民税を編集」と表示された紫色の「∨」ボタンをクリックする
4. 「給与・公的年金等に係る所得以外(平成27年4月1日において65歳未満の方は給与所得以外)の所得に係る住民税の徴収方法の選択」項目のプルダウンから「自分で納付」を選択し、「保存」と表示された青いボタンをクリックする