できません。
これはfreeeで出力したe-tax用のファイルには決算書と申告書の両方のデータが入っています。
もし、決算書はfreeeで作成し、申告書は確定申告書作成コーナーなどで作成される場合、次のいずれかの方法により決算書のみのe-tax用ファイルを作成できます。
・freeeから出力した e-tax ファイルを e-tax に読み込んで、 e-tax の画面上で申告書を削除する方法
・freeeで作成した決算書の金額を手入力で e-tax に入力する方法
※e-taxに作成途中の申告書のデータがある状態で freee のデータを読み込むと、申告書のデータが上書きされる可能性があります。その場合は、e-tax の作成途中のデータを一度ダウンロードの上、上記の操作をお試しください。