freee会社設立の「入力」ステップに「会社の名称/商号を決めましょう」という項目があります。
この項目をクリックすると「合同会社の方はこちら」という青いボタンが表示されますので、ここから合同会社の商号を使用することができます。
その後「保存」ボタンをクリックすると、合同会社として設立の手続きを進めていくことが可能です。
※「入力」ステップを完了していると、商号の変更（株式会社→合同会社 または 合同会社→株式会社）ができなくなります。
その場合はあらためて、freee会社設立を新規登録していただく必要がありますのでご注意ください。