Airレジとの連携は送られてくるデータをfreeeが受け取る仕組みになっています。（同期は freee が金融機関にデータを取りに行く仕組みです）
freee側には設定する項目がありませんので、Airレジの設定画面で連携を解除し、再度連携を行ってください。
また、何らかの理由でどうしても連携がうまくいかない場合は、Airレジの管理画面から売上データをCSVファイルとしてダウンロードし、そちらをfreeeのデータ形式に加工してインポートをする方法が効率的です。
詳しくは、「売上データのダウンロード・印刷（Airレジ）」や「Excel・販売管理ソフトからデータを取り込む(エクセルインポート) - 収入データをfreeeに取り込む」をご確認ください。