地方税申告書の提出先情報が申告書上未設定であるがこれはどこで設定するのでしょうか？

申告書の提出先は第六号様式の上部の［申告先・整理番号設定］ボタンで設定します。

「申告先・整理番号設定」画面で保存した内容が様式の表示に反映され、電子申告送信一覧上でも表示されます。

上記とは別に、第六号様式の提出先をクリックし選択すると、「PDFのあて先を変更する」というチェックがあり、様式に表示されている内容を変更することができます。

例えば直接の提出先は都税事務所であるが最終的な提出先の東京都知事とする場合、東京都知事殿を第六号様式の提出先に表示する場合に利用します。