freee会計にデフォルトで存在している決算表示名のみ電子申告用決算書に連携していますので、freee会計で新しく決算表示名を作り連携した場合は、このメッセージが出ます。
連携していないfreee会計の決算書の数値は、電子申告用決算書の一番意味合いの近い勘定科目のところに手入力をします。また手入力をしたら、対象の科目の表示の「解決済み」ボタンを押します。全て「解決済み」とすると、「未特定の決算書データ〇件を確認」のメッセージが消えます。
電子申告時に入力した内容で提出されるので、入力後全体を確認し正しく入力されていれば電子申告に進みます。