個別で送信の場合、1社ずつの電子申告になりますが、一括申告を使うことで複数の会社の電子申告を一括で行うことができます。また提出する会社、税目ごとの選択して送信することもできます。手順については「freee申告で電子申告送信・結果確認を行う - 複数の顧問先の電子申告データを一括で代理送信する（アドバイザー向け）」のヘルプページをご参照ください。
＜参考ヘルプページ＞
▼ 【ヘルプセンター】freee申告で電子申告送信・結果確認を行う
- freee申告で電子申告送信結果の確認をする
https://support.freee.co.jp/hc/ja/articles/360019581092#7