事業主のマイナンバーを入力したい

前提としてfreeeマイナンバー管理で事業主管理者の権限があることが必要です。

事業主のマイナンバーはfreeeマイナンバー管理で入力します。
アドバイザーによる代理入力の場合は、事業主の編集にて「freeeマイナンバー管理で作成」にします。

（補足） freeeマイナンバー管理で作成する→代理で登録できます
会計・人事労務に登録しているアカウントから連携する→事業主本人が登録します。

詳細についてはヘルプで参照します。