電子申告用決算書に連携がされるのは、freee会計に最初から用意されている勘定科目のみになります。
たとえば、下記のように、freee申告における電子申告用決算書の勘定科目に、納税準備預金がございますが、
この勘定科目はfreee会計に最初からご用意がないものとなります。(e-Tax側が指定している勘定科目)
そのため、この勘定科目を、freee会計の勘定科目の設定から追加設定し、その勘定科目を用いて仕訳を登録しても、電子申告用決算書には連携されないものとなります。
このような場合(=freee会計であとから追加した勘定科目がある場合)は、画面上部にある【未特定の決算書データ◯件を確認】から、割り当てられていない科目を確認して手入力をすることで対応することとなります。