労働時間の大前提として、例え1分でも残業して働いているのであれば、労働時間としてカウントし、割増賃金計算に含めなければなりません。
しかし、全ての労働者に対して1分単位の残業代を全て計算するとなると、煩雑になり、雇い主側としても不便な事態が発生します。そのため、労働基準法では以下のような例外規定を定めています。

「時間外労働・休日労働・深夜労働」をそれぞれ1ヵ月単位で集計した時に1時間未満の端数がある場合は、「時間外労働・休日労働・深夜労働」を30分未満の端数を切り捨て、30分以上を1時間に切り上げること

<端数処理の例>

• 時間外労働：3時間29分→3時間で計算
• 休日労働：3時間31分→4時間で計算
• 深夜労働：2時間39分→３時間で計算

これらを要約すると1ヵ月単位の時間外労働・深夜労働・休日出勤時間において、それぞれに1時間未満の端数がある場合には、30分未満は切り捨て、30分以上は切り上げて計算しても良いことになります。ただし、就業規則（賃金規程）に端数処理の方法を記載しておく必要があります。

1分単位で計算する場合は、就業規則（賃金規程）に端数処理の方法を記載する必要はありません。

人事労務freeeでは「1分単位で計算する」「30分未満切り捨て、30分以上切り上げの端数処理で計算する」、どちらでも事業所の計算方法に合わせて設定を選ぶことが可能です。