解散法人については、異動届にて解散日、事業年度の変更、清算結了日の届出を提出しながら解散事業年度、清算事業年度、残余財産確定事業年度の確定申告書を提出します。
確定申告書については、平成２２年１０月以後の決算日の解散、清算、残余財産確定申告については、通常の継続企業の確定申告書で対応できますのでfreee申告の法人税申告書を利用できます。
異動届については、freee申告の申請・届出の異動届（国税）では異動事由で解散日、事業年度の変更、清算結了日を指定することができないためe-Taxソフトや紙提出での対応が必要です。異動届（地方税）は異動事由の入力に対応しているためfreee申告で作成、提出できます。
期首日から解散日までは通常１年ではありませんので、freee会計の事業所の設定で期末日を解散日に変更することで対応します。freee申告の事業年度はfreee会計の会計期間から設定がされます。freee申告では事業年度が１ヶ月未満の申告書を作成できませんので、１ヶ月未満の解散事業年度、清算事業年度、残余財産確定事業年度のいずれかがある場合には、freee申告でその申告書の作成ができません。事業年度が１年でない場合には固定資産（別表十六）、交際費の損金算入（別表十四）、寄附金の損金算入（別表十四（二））では月割り計算をします。
清算事業年度、または残余財産確定事業年度においては、期限切れ欠損金の控除を実施できますが、この控除に関する書類である別表七（三）（民事再生等評価換えが行われる場合以外の再生等欠損金の損金算入及び解散の場合の欠損金の損金算入に関する明細書）については作成ができません。別表四の欠損金または災害損失金の当期控除額の欄は手入力できるので当該帳票を別途紙提出することで申告書作成はできます。
残余財産確定事業年度についてその年度分の事業税を損金算入できますが、別表四において残余財産確定の日の属する事業年度に係る事業税の損金算入額の欄に入力ができます。