freee申告の決算書作成の流れについては「電子申告用決算書を作成する」のヘルプページを参照します。
freee会計にも決算書作成の機能がありますがこちらとの関連性は基本的にはありません。ただし株主資本等変動計算書の当期末残高はfreee会計の決算書の株主資本等変動計算書から連携をしていますので事前に下記のような設定の保存が必要になります。
基本的に関連性はありませんが、freee申告の電子申告用決算書には印刷機能がないため、freee会計とfreee申告の両方において同期をとって決算書を作成して納品用の印刷資料にはfreee会計から印刷したものを利用することが考えられます。