freee請求書から取引登録の際に、freee会計側で「勘定科目の内訳管理」が設定されていることが影響して、取引の登録が制限されている可能性があります。
「勘定科目の内訳管理」とは、取引先・品目・部門・セグメントのタグを特定の勘定科目にひも付けて使用する機能です。
こちらの機能を設定していると、その勘定科目について取引を登録する際にひも付け設定済みのタグのみが利用できるため、freee請求書側で異なるタグを入力すると取引登録時にエラーとなります。
そのため、freee会計側で勘定科目の設定内容をご確認ください。
勘定科目の内訳管理について、詳しくは「勘定科目の設定・追加を行う - 参考：勘定科目の内訳管理用の取引先・品目・部門・セグメント（補助科目）を設定する」のページも併せてご覧ください。