※ 本記事はfreee人事労務についてのヘルプページです。freee申告については「freee申告のカテゴリー」をご覧ください。
年末調整は、ステップごとにいくつかつまづきやすいポイントが存在します。
本ページでは、よくいただくお問い合わせをステップごとにまとめ、紹介します。
1. 年末調整全般について
初めてfreee人事労務を活用するお客様から、特に多く寄せられるお問い合わせです。
freee人事労務では、ヘルプページやマニュアルなど、初めてのお客様でも不便なく年末調整を終えられる資料をご用意しておりますので、ぜひそちらもご活用ください。
Q. freee人事労務上で年末調整を進める手順は？
A. freee人事労務を活用した年末調整の手順については、管理者・従業員向けマニュアルをそれぞれご用意しています。
詳しくは、「freee人事労務での年末調整の流れ」のヘルプページをご覧ください。
Q. freee人事労務上で年末調整を行わない場合は？
A. 「税理士や社労士に年末調整の計算はお願いしている」など、freee人事労務上で年末調整は行わず、年末調整の結果のみfreee人事労務に反映したい場合、以下の手順で還付 または 追加徴収の結果を反映することができます。
詳しくは、「freee人事労務で年末調整を行わない場合の対応方法」のヘルプぺージをご覧ください。
Q. 国税庁が指定する年末調整システムの要件は満たしていますか？
A. 満たしています。
国税庁の案内で、「年末調整控除申告書作成用ソフトウェア」では、以下の3点を満たしている必要があります。
- 給与等の受領者が電磁的方法による提供を適正に行うことができるための措置
- 給与等の受領者が電磁的方法による提供を行う際に、源泉徴収義務者においてその者を特定することができるための措置
- 申告書に記載すべき事項について電子計算機の映像面への表示及び書面への出力をするための措置
freee人事労務は、上記の3点を満たしています。
※ なお令和3年4月1日以後より、年末調整に必要な情報を従業員から電子データで集める場合に、事前に所轄税務署に申請書を提出して承認を得る必要がなくなりました。
詳しくは、国税庁の「源泉所得税の改正のあらまし 令和7年4月」をご覧ください。
Q. 令和7年度の税制改正が反映されません。
A. 2025年12月1日から施行される税制改正に伴い、12月の年月ナビゲーションに1円以上の給与・賞与明細が存在しているかどうかで判定されます。
「収入」の直接編集の場合は、［その他の総額を編集］ボタンをクリックした「給与・賞与総額の直接編集」画面で「2025年12月1日以降の支払いがある」にチェックが入っている、かつ「給与 課税支給額」または「賞与 課税支給額」が1円以上発生しているかどうかで判定されます。
Q. 12月に給与の支払いがない場合、令和7年度の税制改正は適用されますか？
A. 12月に給与の支払いがない場合、改正後の控除等は適用されません。
そのため、対象となる従業員様が改正後の控除等の適用を受けるためには、従業員様ご自身で確定申告を行っていただく必要があります。
詳しくは、国税庁の「令和７年度税制改正（基礎控除の見直し等関係）Ｑ＆Ａ １－12」をご覧ください。
2. 年末調整の初期設定
年末調整を行うために、従業員に入力を依頼する前にいくつかの準備や設定が必要です。
本章では、その際に多く寄せられるお問い合わせと、その解決方法についてまとめております。
Q. freeeマイナンバー管理の登録を行う必要はありますか？
A. 管理者がfreee人事労務で年末調整処理を確定・源泉徴収票を発行（退職者分も含む）するためには、事業所にマイナンバーの権限を持っている管理者がいる必要があります。
※freeeマイナンバー管理の従業員管理者の権限を所持するアカウント以外でも、上記条件であれば操作が可能です。
なお、従業員全員のマイナンバーはfreeeマイナンバー管理で収集しなくても、freee人事労務上で年末調整を完了させることは可能です。
ただし、税務署提出用の「源泉徴収票」および 市区町村に提出の「給与支払報告書」にはマイナンバー記載の義務があるので、freee人事労務で出力した上記の書類に、手入力でマイナンバーを追加する必要がございます。
詳しくは、「1. 従業員マイナンバーの管理者を確認・設定する」のヘルプページをご覧ください。
Q. freeeマイナンバー管理の登録方法・料金は？
A. freee会計（法人）または freee人事労務の有料プランご契約のお客様は、無料でご利用いただけます。
年末調整におけるfreeeマイナンバー管理の使い方等は、以下のヘルプページをご覧ください。
3. 従業員の申告内容の入力・確認
従業員の申告内容入力・確認時には、いくつか間違いやすいパターンがございます。
本章では、その際に多く寄せられるお問い合わせと、その解決方法についてまとめております。
Q. 今年入社した従業員の「前職の情報」はどのように入力しますか？
A. 今年入社した従業員が自社で年末調整を行う場合、前職の情報（源泉徴収）をfreee人事労務上に入力する必要があります。
詳しくは、「従業員が年の途中に入社した場合」のヘルプページをご覧ください。
Q. 年末調整対象外の従業員の入力は必要ですか？
A. 「別の会社で年末調整を行う」「副業をしている」など年末調整対象外の従業員も源泉徴収票は発行する必要があるため、一部の必要項目を入力します。
詳しくは、「年末調整の対象外・確定申告の対象となる従業員について」のヘルプページをご覧ください。
Q. 年末調整の画面で登録したはずのマイナンバーが「未確認」になっている
A. freeeマイナンバー管理上で、管理者がマイナンバー登録番号の確認を完了してない可能性があります。
freeeマイナンバー管理にログインして、［従業員］メニュー →［従業員情報］→ 該当従業員を選択し、マイナンバーの項目が「確認済み」になっているかご確認ください。
「未確認」となっている場合は年末調整画面に反映されないため変更します。
また、年末調整の書類に出力される従業員の家族のマイナンバーが未登録の場合にも「未入力」が表示されます。対象となる家族のマイナンバーを登録してください。
詳しくは、以下のヘルプページをご覧ください。
Q. 配偶者の所得金額が扶養の範囲から外れている場合は、配偶者の本人給与額に金額を入力しても、自動的に集計から除外されますか？
A. はい。集計の対象から除外されます。
所得の条件など、控除を受けられる条件は、以下の国税庁サイト等でご確認ください。
Q. 従業員が入力した家族情報は翌年のデータに反映されますか？
A. はい、自動的に従業員情報へ反映されます。
反映されるのは翌年の1月支払い月の従業員情報です。反映の際には、変更項目について通知等はされません。変更項目は、従業員の方にご確認ください。
Q. 家族情報に関する詳細な入力方法が分かりません
A. 家族情報に際しては、いくつか間違いやすいパターンが存在します。
詳しくは、以下のヘルプページをご覧ください。
Q. 住宅ローンに関する詳細な入力方法が分かりません
A. 住宅ローンの入力に際しては、いくつか間違いやすいパターンが存在します。
詳しくは、「参考：住宅ローン控除を初めて受ける従業員について」のヘルプページをご覧ください。
Q. 年末調整前と後の本人情報・家族情報の差分はどのように確認できますか？
A. 以下の手順で、年末調整前後の本人情報・家族情報の差分を確認することができます。
① 年末調整前の情報を出力する
- ［従業員情報］メニュー をクリックし、 年末調整を行った年の12月の年月ナビゲーションへ移動します。
-
従業員一覧の右上にある［一括操作］ボタン→［従業員情報の出力］→［ダウンロード］をクリックして、年末調整が反映されていない従業員の本人情報・家族情報を出力します。
従業員情報の出力はダウンロードが完了するまでに時間がかかることがあります。
以上の操作で、その年の年末調整前の従業員の本人情報・家族情報を出力することができます。
② 年末調整時点（または年末調整後）の情報を出力する
【年末調整時点の情報】
- ［年末調整］メニューをクリックし、右上にある［出力］ボタンから、CSV出力の［自由選択項目］をクリックします。
- ［テンプレート新規作成］をクリックし、テンプレート名を入力のうえ、出力して比較を行いたい本人情報・家族情報の項目を出力項目から選択し、［保存］します。
- CSVテンプレート画面に戻り、手順②で作成したテンプレートを選択して［CSV出力］をクリックします。
CSVテンプレートのステータスが「未更新」になっている場合は、テンプレートを選択した後に［更新］ボタンをクリックして更新を行ってください。ステータスが「出力可能」になるとCSVを出力することが可能になります。詳しくは、「年末調整の情報をCSVファイルに出力する」のヘルプページをご覧ください。
【年末調整後の情報】
- ［従業員情報］メニュー をクリックし、翌年の1月の年月ナビゲーションへ移動します。
- 例：比較したい年末調整が2025年の場合は、2026年1月の年月ナビゲーションへ移動します。
-
従業員一覧の右上にある［一括操作］ボタン→［従業員情報の出力］→［ダウンロード］をクリックします。
従業員情報の出力はダウンロードが完了するまでに時間がかかることがあります。
以上の操作で、前年分の年末調整が反映されている従業員の本人情報・家族情報を出力することができます。
③ 情報を照らし合わせる
①で出力した年末調整前の情報と②で出力した年末調整時点の情報または年末調整後の情報を照らし合わせます。
4. 書類の出力
従業員の入力が完了したら、各種書類を出力する必要があります。
本章では、その際に多く寄せられるお問い合わせと、その解決方法についてまとめております。
Q. 還付追徴が給与明細に上手く反映できません。
A. 12月還付と1月還付では反映のタイミングが異なったり、給与明細を直接編集すると別途対応が必要になったりと、正しく反映されない原因がいくつか考えられます。
各パターンにおける反映の手順は、「還付・追徴を給与明細に反映する（年末調整）」のヘルプページをご覧ください。
Q.［出力］ボタンがクリックできません。
A. 年末調整の出力ボタンがクリックできない場合、必要な設定が完了していない可能性があります。
詳しくは、「書類出力ができません」のヘルプページをご覧ください。
Q.源泉徴収票の摘要欄に印字できない。
A. 登録されている情報によって自動反映されるものと、手入力で摘要欄入力していただくもので最大300文字まで印字可能です。
自動反映される内容は詳しくは「年末調整で出力する源泉徴収票の摘要欄について」のヘルプページをご覧ください。
手入力の場合には、1行につき25文字、最大3行まで入力することが可能です。
※源泉徴収票の摘要欄は、300文字以内で入力することができます。
300文字の内訳については次の通りです。
- ①「本人情報」等から申告に必要な項目が自動で入力されます。（150文字程度）
- ②「住民税の徴収方法の選択」での「徴収方法の切り替え理由」が反映されます。（75文字程度）
- ③源泉徴収票の摘要欄への手入力（①②を含めて300文字まで、1行につき25文字・最大3行まで入力することが可能）
Q.源泉徴収票の「源泉徴収税額」に数字が入らない。
A. 毎月控除される所得税の合計額ではなく、年末調整の結果が反映される欄です。
詳しくは、「「源泉徴収税額」が空欄になっている」のヘルプページをご覧ください。
5. その他
Q. 年齢はどのように計算されていますか？
A. freee人事労務では、e-GOV「年齢計算ニ関スル法律」と民法第143条に準じて計算をしています。
それによると、誕生日の前日が終了する時（午後12時）に年齢を1つとる（満年齢に達する）とされています。1月1日生まれの場合、2025年12月31日時点の年齢は以下の通りになります。
- 2025年1月1日生まれ：1歳
- 2024年1月1日生まれ：2歳
- 2023年1月1日生まれ：3歳
- 2022年1月1日生まれ：4歳
- 2021年1月1日生まれ：5歳
- 2020年1月1日生まれ：6歳
- 2019年1月1日生まれ：7歳
- 2018年1月1日生まれ：8歳
- 2017年1月1日生まれ：9歳
- 2016年1月1日生まれ：10歳
- 2015年1月1日生まれ：11歳
- 2014年1月1日生まれ：12歳
- 2013年1月1日生まれ：13歳
- 2012年1月1日生まれ：14歳
- 2011年1月1日生まれ：15歳
- 2010年1月1日生まれ：16歳
- 2009年1月1日生まれ：17歳
- 2008年1月1日生まれ：18歳
- 2007年1月1日生まれ：19歳
- 2006年1月1日生まれ：20歳
- 2005年1月1日生まれ：21歳
- 2004年1月1日生まれ：22歳
- 2003年1月1日生まれ：23歳
Q. 控除証明書の電子発行には対応していますか？
A. freee人事労務では、控除証明書の電子発行に対する対応は、生命保険料（一般の生命保険料、介護保険料、個人年金保険料）、地震保険料（地震保険料、旧長期損害保険料）、小規模企業共済等掛金、個人型確定拠出年金のみに対応しております。
※ 控除証明書の電子発行に対する対応については、国税庁より年末調整控除申告書作成用ソフトウェア（年調ソフト）が提供されています。
詳しい操作手順は「6. 管理者が従業員の申告内容を入力する - 保険料 - 保険料を入力・確認する」のヘルプページをご覧ください。
Q.年末調整完了後、内容を修正・編集したい。
A. 年末調整完了後に修正が必要となった場合、まずは「計算結果の確定」を解除する必要があります。
詳しくは、「年末調整完了後、内容を修正したい」のヘルプページをご覧ください。
freee人事労務では、直近5年分を除いた年度の計算機能が制限されています。
例：2026年度の場合
- 直近5年分（2021年以降）：計算を含む全ての機能が利用可能
- 直近5年分以外（2020年以前）：閲覧専用として書類出力以外が制限
なお、「源泉徴収簿」「源泉徴収票」「扶養控除等申告書」などの書類は過去分も出力が可能です。
直近5年以外で再計算が必要な場合、ご自身で再計算をしていただく必要があります。